公司以业绩不达标为由扣底薪是否合法，需结合具体情况判断，以下分情形分析：
1. 若劳动合同明确底薪为固定工资，且无业绩不达标可扣底薪的约定，则公司扣底薪不合法。因底薪是基本生活保障，无法定或约定事由，用人单位不得随意扣减。
2. 若劳动合同约定业绩与底薪挂钩，且明确未达标可按比例/金额扣底薪，但该约定违反当地最低工资标准，导致扣后工资低于标准，则公司扣底薪不合法。
3. 若公司能证明业绩不达标系劳动者故意或重大过失导致，且依法制定并公示了明确的业绩考核制度和工资扣除规则，同时扣后工资不低于当地最低工资标准，公司扣底薪可能合法。
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公司以业绩不达标扣底薪的合法性，可依据法律规定分析：
《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条规定：“用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。”第三十条第一款规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”公司与劳动者签订的劳动合同中关于底薪的约定具有法律约束力，公司应按约定足额支付。若劳动合同未约定业绩不达标可扣底薪，公司单方面扣底薪，违反上述法律，属于未全面履行支付义务，系违法行为。
此外，根据《最低工资规定》，劳动者在法定或约定工作时间内提供正常劳动的，用人单位支付的工资不得低于当地最低工资标准。即便劳动合同有业绩与底薪挂钩的约定，若扣后工资低于标准，同样违法。因此，一般情况下，公司以业绩不达标扣底薪，不符合上述法律规定即违法，劳动者有权要求公司支付被扣除的底薪。
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公司以业绩不达标扣底薪，可能给劳动者带来以下法律风险：
1. 劳动报酬权受损风险：长期扣底薪会导致实际收入减少，影响基本生活。例如，小王劳动合同约定底薪3000元，公司每月扣500元，实际收入2500元低于当地最低工资标准，其劳动报酬权受侵害。
2. 维权证据不足风险：若劳动者未保留劳动合同、工资条、业绩考核标准、沟通记录等证据，争议发生时难以有效证明公司扣底薪行为违法。例如，小李发现扣底薪后未保存工资条和考核记录，投诉或仲裁时因证据不足维权困难。
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处理公司以业绩不达标扣底薪问题时，存在以下特殊情况或例外情形，影响处理结果：
1. 公司依法制定并公示合法的业绩考核与工资扣除制度：若制度通过民主程序制定、向劳动者公示，内容不违反法律法规，明确合理的业绩指标、底薪扣除条件和比例，且扣后工资不低于当地最低工资标准，公司依据该制度扣底薪可能合法，对公司有利。
2. 劳动者与公司就业绩不达标扣底薪达成书面协议：若劳动者入职时或考核前与公司签订书面协议，明确同意业绩不达标时公司可扣一定金额底薪，且协议内容为双方真实意思表示、不违反法律规定，则协议对双方有约束力，公司扣底薪可能合法，增加劳动者维权难度。
3. 当地有特殊行业规定允许业绩不达标扣除部分底薪：某些特殊行业（如销售行业）可能存在地方性行业规定，允许用人单位在特定业绩标准下，在合理限度内扣底薪，且扣后工资不低于当地最低工资标准。若公司所在行业有此类规定，其扣底薪行为可能符合行业惯例和地方规定，影响合法性判断。

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