工厂降低工资后按程序辞职，以下特殊情况会影响处理结果：
1. 劳动合同约定“降薪需协商一致”：若合同明确降薪需双方书面同意，工厂单方面降薪属违约，此时劳动者按程序辞职后，可额外主张工厂支付降薪差额及经济补偿，处理重点从“辞职程序合法性”转向“工厂违约赔偿”。
2. 工厂降薪符合法定情形：如因经营困难经职工代表大会同意降薪，且降薪后不低于最低工资标准，此时降薪合法，劳动者按程序辞职无法主张降薪相关赔偿，只能按正常离职流程结算工资。
3. 劳动者处于医疗期/孕期：若劳动者因患病处于医疗期，或处于孕期、哺乳期，工厂不得因降薪逼迫劳动者辞职，若工厂在此期间以“未交接”为由刁难，劳动者可依据《劳动合同法》第四十二条主张特殊保护，处理时需优先考虑自身特殊权益。
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针对工厂降低工资后按程序辞职是否合法的问题，核心需判断辞职程序是否符合法律规定。
工厂降低工资后按程序辞职通常是合法的，但需结合具体情形判断。
1. 若处于试用期内：提前三日以书面或口头形式通知工厂即可辞职，无需工厂批准，辞职程序合法。
2. 若已过试用期：提前三十日以书面形式（如辞职信、邮件）通知工厂，完成通知程序后辞职合法，书面形式需明确离职意愿及日期。
3. 若工厂降低工资属违法行为（如未协商一致、低于最低工资标准）：劳动者可立即辞职，无需提前通知，此情形下按“立即通知+离职”程序操作也合法。
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工厂降低工资后辞职，不少劳动者会因操作不当陷入被动，以下是常见的错误行为：
1. 仅口头通知辞职：未提交书面辞职材料，工厂可能否认收到通知，导致劳动者被认定为“旷工”，甚至面临赔偿要求，口头通知难以形成有效证据链。
2. 因降薪直接旷工离职：不满降薪便停止上班，未按法定程序通知，工厂可依据规章制度解除劳动合同，劳动者不仅无法主张经济补偿，还可能因旷工给工厂造成损失而被索赔。
3. 忽略工作交接：辞职后直接离开，未完成工作交接，工厂可能以此为由拖欠工资或奖金，劳动者维权时需额外举证已履行交接义务，增加维权难度。
若您已出现类似错误操作，建议及时联系律师，根据具体情况制定补救方案，避免权益进一步受损。
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工厂降低工资后按程序辞职，可能存在以下法律风险：
1. 工资结算争议风险：例如，劳动者提前三十日书面辞职后，工厂以“未提前通知”为由克扣最后一个月工资，或因降薪未结算差额工资，此时劳动者需举证辞职程序合法及降薪事实，若证据不足可能无法足额追回工资。
2. 离职证明开具风险：工厂因不满劳动者辞职，故意拖延或拒绝开具离职证明，导致劳动者无法入职新单位，若新单位因无离职证明取消录用，劳动者可主张工厂赔偿损失，但需证明损失与未开证明存在直接因果关系。

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